El SIUBEN funciona bajo la responsabilidad directa del Vicepresidente de la República, en su condición de Coordinador del Gabinete de Política Social, quien delega los aspectos técnicos a la Dirección del SIUBEN.

Para facilitar la administración y funcionamiento técnico de las actividades del Sistema ha sido establecida una Unidad Central, que tiene bajo su responsabilidad la coordinación y administración de las siguientes actividades: actualización cartográfica y segmentación, capacitación y relacionamiento con la sociedad civil, levantamiento de los datos, captura y validación de los datos y selección de beneficiarios, procesamiento y registro.

Con la finalidad de desconcentrar las actividades del SIUBEN, el sistema prevé el establecimiento de Unidades Técnicas Regionales.